1961 hat die evangelische Kirchengemeinde Seligenstadt beschlossen, die alte Orgel durch ein neues Instrument zu ersetzen. 1964 hat die Orgelbaufirma Walcker ihr Opus 4459  in der denkmalgeschützen Kirche an der Aschaffenburger Strasse installiert. Anders als ihre Vorgängerin befindet sich die Orgel seitdem nicht mehr auf der Mittelachse der Empore, sondern im seitlichen Bereich.

Ursprünglich hatte sie 13 Register und etwa 650 Pfeifen. Sie wurde, wie jedes Instrument individuell an die lokalen Gegebenheiten angepasst; der  relativ kleine Kirchenraum an der Aschaffenburger Straße stellte eine besondere Herausforderung dar. Um eine akustische Überlastung zu vermeiden, wurden die Prinzipalregister, die das Rückgrat einer jeden Orgel bilden, zurückgenommen. Die Anzahl der Aliquoten, die die Obertöne verstärken und gebündelt als sogenannte Mixturen die Klangkrone bei feierlichen Orgelwerken bilden, war ebenfalls reduziert. Dafür rückten die flötigen Register in den Vordergrund. Die kleine zweimanualige Orgel, die als sehr charaktervolles Instrument beschrieben wird, verfügt über einen sogenannten „Werkaufbau“ als neuer Typus, nach historischen Vorbildern. Dies gilt als wichtige und bleibende Errungenschaft der 60er Jahre.

Obwohl die Orgel regelmäßig gewartet wurde, hat sie im Laufe der Jahrzehnte zunehmend Mängel gezeigt, die mitunter, trotz allen Geschicks der Dekanatskantorin und ihrer Vertretungen auch hörbar waren. Darum hat die Gemeinde 2017 ein Gutachten beauftragt, das den Zustand der Orgel beschreibt, den Reparaturbedarf aufzeigt und verschiedene Optimierungsvorschläge bis hin zum Neubau enthält. Da ein solcher in diesen Zeiten finanziell nicht zu stemmen ist, wurde eine Renovierung mit Erweiterung beschlossen, die im Frühjahr 2023 ausgeführt wurde.

Die Orgel wurde um ein Prinzipalregister Oktave/Prästant 4‘ und eine zusätzliche Aliquote, eine sogenannte Sesquialtera erweitert. Sie hat jetzt 15 Register und fast 1000 Pfeifen.  Außerdem wurde im Pedalwerk eine vorhandene 4-Fuß-Flöte durch ein Posaunenregister ersetzt. Das gibt mehr Klangfülle und erlaubt mehr Vielfalt bei der Auswahl von Orgelliteratur. Darüber hinaus wurden einige Bauteile aus der Gründungsphase, wie beispielsweise die Windanlage, die starke Nebengeräusche erzeugt, repariert, minderwertige Verschleißteile ersetzt und das gesamte Instrument gereinigt.

Die Federführung dieses Projekts lag in den erfahrenen Händen des Amöneburger Orgelbauers Kilian Gottwald. Die große Windlade und einige andere Teile gingen nach  Dresden in die Werkstatt von Jehmlich Orgelbau, die auch den Wiederaufbau übernommen hat. Sie restaurieren unter anderem auch die bekannten Silbermann Orgeln. Die klangliche Abstimmung erfolgte abschließend durch Kilian Gottwald. 

Im Rahmen eines Festgottesdienstes am 4. Juni 2023 wurde die renovierte und erweiterte Orgel eingeweiht.